여선교회는 회원들 상호간의 섬김을 실천할 뿐만 아니라 믿지 않는 이웃들에게 그리스도의 구원과 능력을 증거하는 등 정동교회가 수행하는 봉사ㆍ전도 기능의 중심축이 되어 그 역할과 책임을 다하고 있습니다.(여선교회실 - 한나홀)

여선교회는 10개의 지회로 나뉘어 선교와 봉사, 사회복지사업에 주력하고 있습니다. 여선교회는 총회장, 총무, 서기, 부서기, 회계, 부회계 등의 연합임원들과 1~10지회장들이 연합한 협의체로 활동하고 있으며, 각 지회별로 회장과 부회장을 비롯해 선교부, 교육부, 문화부, 연구부, 사회사업부, 재정부, 청소녀지도부 등의 부서를 각각 조직하여 운영하고 있습니다.
매월 첫 주일에 연합임원 및 회장단협의회와 각지회 월례회를 개최하고 3분기로 나누어 공동월례회 및 총회를 개최하고 있습니다.
산하조직으로 장학위원회와 선교기금 운영위원회, 만나홀을 운영하고 있습니다.